Свя­щен­но­му­че­ник Фле­гонт ро­дил­ся 28 мар­та 1871 го­да в се­ле Ка­ря­е­во Уг­лич­ско­го уез­да Яро­слав­ской гу­бер­нии в се­мье свя­щен­ни­ка Ни­ко­лая Пон­гиль­ско­го. Окон­чив Яро­слав­скую Ду­хов­ную се­ми­на­рию, Фле­гонт Ни­ко­ла­е­вич стал учи­те­лем в цер­ков­но­при­ход­ской шко­ле в се­ле Смо­лен­ском, что в Крас­ном Бо­ру в Яро­слав­ском уез­де; в 1895 го­ду он был ру­ко­по­ло­жен во свя­щен­ни­ка ко хра­му в се­ле Ва­си­льев­ское в Юх­ти Уг­лич­ско­го уез­да, а через два го­да пе­ре­ме­щен ко хра­му в се­ле Же­лез­ный Бо­рок Яро­слав­ско­го уез­да.